UPT SMP Negeri 3 Tuban memiliki laboratorium komputer yang modern dan lengkap untuk mendukung pembelajaran berbasis teknologi. Laboratorium ini dilengkapi dengan perangkat komputer berspesifikasi terbaru, akses internet yang stabil, serta perangkat lunak edukatif yang menunjang berbagai mata pelajaran. Dengan fasilitas ini, siswa dapat belajar keterampilan digital seperti pengolahan data, pemrograman, desain grafis, serta literasi internet. Selain itu, laboratorium komputer juga digunakan sebagai sarana untuk ujian berbasis komputer dan berbagai kegiatan akademik lainnya. Dengan adanya laboratorium komputer yang memadai, UPT SMP Negeri 3 Tuban berkomitmen untuk membekali siswa dengan keterampilan teknologi yang relevan untuk masa depan.